YuGiOh! Vrains conta a história em Den City onde a última rede se desenvolveu, as pessoas estavam duelando dia e noite no mundo VR chamado LINK VRAINS gerenciado pela SOL Technology Inc. O personagem principal, Yusaku Fujiki é um estudante de escola secundária silencioso com uma ótima visão. Ele tem duelado, transformando-se em seu avatar Playmaker, para combater os The Knights of Hanoi que planejam destruir LINK VRAINS.