A história se passa na cidade “No.6” no ano 2013. O menino Shion foi julgado como um ser “Super Inteligente”, quando ele tinha dois anos e foi autorizado a viver na luxuosa área “Cronos”. Em seu décimo segundo aniversário, conheceu um rapaz bonito chamado “Nezumi”, que havia escapado de um reformatório. Shion o protegeu, mas a Secretaria de Segurança Pública retirou todos os privilégios de Shion e expulsou-o de Cronos a “Cidade Perdida”. Quatro anos após a expulsão, um misterioso acidente leva Shion à um segredo na cidade No.6.