Hyakkimaru é um jovem que não tem 48 partes do corpo, porque elas foram levadas por demônios antes do nascimento, como pagamento do seu pai, Kagemitsu Daigo, para obter o seu desejo de assumir o país. Quando o menino nasceu, ele estava faltando 48 partes de seu corpo, assim, foi abandonado, jogado em um rio. Hyakkimaru cresceu e possui partes do corpo falsas para que ele possa eliminar os 48 demônios que foram feitos a partir de seu corpo, e recuperar as partes que faltam do seu corpo. Ao longo da aventura ele se torna amigo de Dororo um menino ladrão.