Num mundo onde Digimon é uma popular franquia com jogos de cartas, videojogos e onde as duas primeiras séries são obras de ficção, Takato Matsuda, um fã de Digimon, materializa por acidente o Digimon que inventou, Guilmon, no Mundo Real. Ao tentar continuar com a sua vida normal, ocultando Guilmon de toda a gente, acaba por encontrar Li Jenrya e a famosa jogadora de cartas Rika Nonaka, que também têm parceiros Digimon. Uma organização secreta do governo segue pistas que indicam a existência de outro mundo, cujos habitantes digitais andam a escapar para o Mundo Real. Com os Digimons a percorrer o seu mundo, cabe às três crianças impedir que o caos seja instaurado, usando os seus parceiros e as cartas com que outrora apenas jogavam.